《秒速五厘米》的故事一共有三个，但又能够说是只有一个故事。
  坐在椅子上，面对着办公桌的佐佑用左手撑着脑袋，右手不断在特典上面签名，听着电影播放时传过来的声音。
  现在播放到了哪里呢？估计是才刚刚开始，那么应该是到了主人公乘坐列车的场景了吧，佐佑倒是十分喜欢那一幕的镜头和背景。
  虽然有些疲倦，不过却依旧对此会心一笑，现在的时光可以说是相当的难得。
  这个办公室里面只有佐佑一个人，其他人大部分多跑到了放映室去，估计都想要看一看放映室的样子吧。
  不过那种地方应该跟动画差不多呢，只是设备有着许些不同。
  看着眼前的特典，佐佑呼出一口气，整个人要轻松不少，接下来就必须好好的工作了。
  外面的电影院正按照预定开始了放映，一切都顺利的进行着。
  秒速五厘米的故事，就在这里开始了。
  第一话《樱花抄》——远野贵树因为父母调职而转校来到东京的小学。一年后，篠原明里也转校来到同一班级。两人因体弱多病，不擅长运动，而喜欢独自待在图书馆。虽然年纪还小，可是两人还是互相吸引，对方在自己心中的存在渐渐变得无法取代。
  一开始的这个故事对于观众而言，或许具有吸引力的地方不是年纪很小的他们对对方所产生的感情，而是会喜欢上他们采取的行动，喜欢上身处于静谧图书馆的他们吧。
  每个人的想法都会有所不同，但是对于童年，许多人估计都会有所怀念才对。
  喜欢上的那个人也好，感兴趣的那个同学也罢，都是无法取代的回忆，所以秒速五厘米用色彩、图画以及对白的方式将其体现了出来。
  曾经热爱的东西，现在讨厌的事物，不变的童年在人长大之后发生了巨大的改变，正如故事中的他们一样。
  他们两人亲密的世界因明里再度转校而悲哀地告终。之后，贵树一直努力地适应没有明里的世界。但在中学一年级的夏天，贵树收到明里写给他的信时，感情一下子再度涌现。他们开始通信，并再次得到能够互相传达心意的幸福。
  那年冬天，贵树要转校去一个遥远的地方。比现在分开得更远，可能再也不能见面。于是两人在信中约定了再见面的时间。
  这个约定便成为了第一话《樱花抄》的故事中心，为了完成约定的远野贵树乘坐列车去往明里所在地方。
  寒冬飘落的雪，列车上看着倒退景物的贵树，车站中静待于火便的明里，冬天的寒冷依旧无法阻隔两个人的思念。
  青涩而又苦涩的故事就这么徐徐展开，冬天的季节，冬天的分别即将来临。
  第二话《宇航员》——中学二年级的第一天，澄田花苗看到从东京转校过来的远野贵树时，就已经喜欢上他。无论上课时还是放学后，甚至带狗在海边散步时，花苗都会在视线的一角寻找他的身影。
  这也是所有人青春中的一幕吧，即便是独自一人，也不往搜寻那个人的身影，害怕自己的世界里面再也没有那个人了。
  可是没有悲伤和苦涩的青春就不算是青春，仿佛应验了这句话一样，两个人之间的关系在潜移默化之中慢慢改变了。
  在佐佑看来，第二话中的女主角澄田花苗固然坚强，但却缺少抓住贵树衣角的勇气，这也是后面故事发生的诱因吧，她找到了属于自己的勇气。
  为了和贵树在同一所高中而拼命温习，虽然合格了但还是没有向他告白的勇气，一直都暗恋着贵树。1999年，高中三年级的夏天，不但受姐姐影响而在高中开始的滑浪陷入了低潮，而且也决定不了毕业后的出路。
  虽然花苗对贵树的思念愈来愈强烈，但只是为了装作偶然遇上而一起回家。在高中生活只剩下半年时，感到焦急的花苗做了一个决定：能够在滑浪时再次站起来的那天，就向贵树表白。
  然而，花苗开始努力，开始寻找到属于自己的勇气。
  第三话《秒速五厘米》——整个故事的中心以及结尾。
  2007年的东京，远野贵树在从事系统工程师的工作，过着忙碌的日子。出来社会工作后，季节和季节、年和年之间的区分变得**起来，不知不觉就过了数年。那年年尾，贵树和交往了3年的水野理纱分手了。
  2008年，贵树在春天来临前辞职了。他既觉得有无数的理由要他这样做，同时又觉得能令自己接受的理由其实一个也没有。
  这或许就是失去了某种目标，某个动力的情况吧，也是出入社会之人经常出现的迷茫。
  社会总是会产生许多的束缚，让人踹不过气来，感到压抑以及忧郁。
  这就跟从高中进入了大学一样，本以为会有不同的事情发生，有不同的故事，可是实际上没有改变，还是跟以前那般，人生慢慢的度过。
  既没有小说般的生活，也没有动画般的邂逅，这才是真正的人生。
  不久空气慢慢变得暖和，樱花的季节也到访东京。在一个恬静的平日，中午过后，贵树披上薄外套，走在街上。经过铁路平行道时，与迎面而来的女子擦肩而过的瞬间，猛然想起那是多年未见的明里。当走过铁道回过头时，却被疾驰而过的小田急线列车挡住了视线……
  整个故事或许是想要表达——曾经纯真的感情并不会随着时间的流失而消逝。即便这种感情因为种种原因没有得到完成，但它必定会是心里美丽的一段回忆。而龟缩于以往的伤痕中，不敢接受新的幸福，只会使心越来越苍老，最后慢慢死去；回忆像酒，少许你便可觉得那其中的甘美，如果滥喝沉迷其中，只是一个神智不清的酒徒。
  秒速五厘米，一个美妙的邂逅，也是一个美妙的青春颂歌以及对幸福真正的阐述。